Är det några nackdelar förutom att installationskostnaden är högre med att ha en överdimentionerad anläggning? Har fått en kommentar att en en för stor anläggning ger många starter som i sig sliter på anläggningen, stämmer detta?

Jepp, man bör inte överdimensionera för mycket.

Och jag håller med om att du bör göra en energiberäkning.
På denna sidan kan man göra en hyfsad energiberäkning själv:
http://www.energiberakning.se/

Tack för input!

Här kommer lite innehåll från energikalkylerna för alternativ 1, 2 och 3.

                                   Nr 1                      Nr 2                     Nr 3
Husets data

Beräknad effekt              13 kW                    7 kW                   
Beräknad energi              36 000 kWh            21 000 kWh           28 700 kWh
DUT                              -18,2 ºC               -18,2 ºC                -18 ºC
Max tillskottseffekt          3,3 kW                  0 kW
Rek. tillsatseffekt                                                                  2,2 kW
Drivenergi VP                  10 430 kWh           6 230 kWh             5 960 kWh
Tillskott VP                     270 kWh               0 kWh   
Tillsatsenergi, netto                                                               127 kWh
Tillsatsenergi El, 95 %                                                            134 kWh               
Gratisenergi VP                25 350 kWh           14 770 kWh
Drifttid                           3520 h/år              2880 h/år
Effekttäckning                 75 %                    100 %                  79 %
Energitäckning                 99 %                    100 %                  100 %

Värmekälla

Aktivt borrhål                  178 m                   121 m                   149m             
Brinetemp medel               -0,5 ºC                 1,5 ºC                  -0,5 ºC
Antal slingor                    2 st                      1 st
Min volym värmesystem     97 liter                  70 liter                 

Har lite svårt att jämföra vissa poster och tolka all data. Är det några nackdelar förutom att installationskostnaden är högre med att ha en överdimentionerad anläggning? Har fått en kommentar att en en för stor anläggning ger många starter som i sig sliter på anläggningen, stämmer detta? Ska naturligtvis inte ta i så att byxorna spricker men vill inte skaffa en för liten anläggning.

Vad gäller värmeförbrukningen trodde en av installatörerna att vi borde ligga runt 28 000 kW i förbrukning, dvs nuvarande bergvärme kan ge lite värme.

Det låter rimligt, med tanke på utbyggnad mm så tror jag att en 9-10 kW värmepump skulle passa bäst.

Hej!
Jo du kommer sannolikt behöva en shunt till golvvärmen.
Det finns såna tillbehör till värmepumparna men det är inget måste att låta värmepumpen styra shunten.
Din energiförbrukning låter rätt låg, hur gammalt hus är det?

Men stämmer siffran och att din Marcus inte ger så mycket så bör en 7-8 kW VP klara värmebehovet.
Fast vill du vara på säkra sidan är 9-10 kW kanske bäst.  
Offert 1 är nog väl stor.
CTC (offert 4) är inte kända för att ge mycket varmvatten, den har ingen förrådsberedare utan en VV-slinga i tanken.
Tanken samtidigt används samtidigt för att shunta fram värme till huset.
Väljer du denna offert bör du satsa på en extra VVB (eller behålla nuvarande om den är fristående).

I övrigt är borrdjup en ganska viktig faktor, offert 3 är att föredra ur detta perspektiv.